Die Unterschiede werden wohl so sein wie in den vorherigen Generationen auch. Bisher war es meistens so, dass manche Pokémon, vor allem legendäre, editionsspezifisch waren. Sprich: Man konnte sie nur in einer der beiden Editionen bekommen. (Bei den ersten beiden war's aber nicht ganz so schlimm, weil man die Legendaries dann eben später fangen konnte.) Ab der 5. Generation (Schwarz/Weiß (2)) gab es dann auch einige Unterschiede bei den Orten. In Schwarz gab es die Schwarze Stadt und in Weiß den Weißen Wald - was genau da jetzt die Besonderheiten waren, weiß ich aber nicht. Außerdem sah Twindrake City unterschiedlich aus. Einmal moderner und einmal traditioneller. Das war dann eigentlich nur eine Frage des Geschmackes. (; Einfach ästhetische Kleinigkeiten. Die Story war bisher eigentlich noch nie grundlegend anders. Das einzige, was mir jetzt einfällt, sind Team Aqua und Team Magma aus der 3. Generation. Die Grundlage der Story war aber trotzdem in beiden Editionen gleich. Man konnte sich halt nur aussuchen, ob man in einer Dürre schmoren oder lieber in einer Flut ertrinken möchte. :B
Ich entscheide ja meistens nach den Legendaries, die man bekommen kann. Wer aber auch auf die "kleineren" Pokémon achten möchte, sollte sich dann lieber bei Bisafans informieren. Die machen das mit ihren Infos immer ganz gut. c: